Меню формируется из файлов .desktop. Сами файлы могут находиться в /etc/xdg, /usr/share/applications, в домашке - в каталоге DE. Смотрите переменные XDG_* в окружении - там обычно перечисляются пути, где ищутся файлы .desktop, можно еще стартовый скрипт DE посмотреть.
Ну, конечно же можно просто снести Nepomuk - если не ставили руками, значит подтянулся по зависимости.
