Что касается какого-либо официального решения - я к сожалению не в курсе, существует ли такое.
Однако, у меня возник один вопрос:
Почему у вас количество входных каналов разное?
Если это логически разные сущности, то очевидно для них стоит сделать раздельные модели, а затем как-то работать с их результатами.
Если же это логически одинаковые сущности, то отсутствие какой-либо информации я бы тоже считал информацией. Возможно, можно попробовать заполнять их или дефолтными значениям, отличными от всех возможных, когда информация есть, и обучать модель в обычном режиме.