сhown -R www-data:www-data web/assets
# nginx/Dockerfile
FROM tutum/nginx
RUN addgroup --gid 3000 --system app
RUN adduser --uid 3000 --system --disabled-login --disabled-password --gid 3000 app# phpfpm/Dockerfile
FROM php:fpm
RUN addgroup -g 3000 -S app
RUN adduser -u 3000 -S -D -G app app
Сто процентное решение, в табе Override определяется папка, после этого локальные (измененные копии) хранятся именно в ней и после перезагрузки изменения остаются в силе! Большое спасибо!