Ну благо их можно создать много, и под любые нужды, и для использования не только в индизайне, и доступны они из облака. Согласен, что вложенность добавляет некоторый порядок, но сложно представить проект, где было бы не удобно использовать несколько библиотек вместо вложенных папок.
извините,сразу не заметил. Вы интерактивный пдф пытаетесь выгнать, попробуйте пдф для печати сделать, там в настройках можно отключить и даунсемплинг и компрессию.