Во первых надо задаться мыслью - зачем ?
Во вторых - снять копию с hdd - для возможности быстрого востановления.
Потом качаете новые исходники asterisk и по стандартной схеме установки с нуля - configure, make, make install
FreePBX обновляется из web панели, если что то пойдет не удачно при переходе с версию на версию - всегда есть возможность обновиться из консоли.
Если сомневаетесь в собственных силах всегда есть фриланц, желающие заработать пару 2000 рублей за пару часов работы - найдутся.