Проверь, может скрипт Enemy не прикрепил к врагам, от того enemyCount всегда равно нулю. Если не в этом дело, тогда сделай Debug.Log(enemyCount), возможно поле по какой-то другой причине всегда равно нулю.
Кстати не совсем понимаю зачем вызывать SpawnEnemyWaveAmmo и в Start и в Update.