Помнится, в каких-то из линуксовых window manager'ов были настройки для отдельных окон — типа позиции окна и кастомных кнопок (запретить закрытие и сворачивание окна). Не знаю, как с этим сейчас дела.
Может для Windows что-то стороннее с такой функциональностью есть.
Сам настраивал компьютер родителям — неттоп под Ubuntu (ради стабильности и «безвирусности»). Единственная проблема со Скайпом была в том, что если случайно запустить две копии (не заметив маленькую иконку в трее) — он переставал при следующем запуске логиниться автоматически и забывал пароль.