У тебя есть класс myfixed
<header id="masthead" class="site-header myfixed" role="banner" style="width: 1680px;">
В том случае когда шапка "припшая" и без него, когда у тебя шапка в самом верху просто.
Итого, берем CSS и ставим к логотипу
.site-logo img {
display: none;
}
А для класса myfixed ставим block
.myfixed img {
display: block;
}
Ну или как то так, если я правильно понял