Артур Атнагулов

Зачем делать это через сайт? Пусть сайт вернет список URL, а программа их запросит и скачает. То, что невозможно подключить нодовые модули с сайта - вполне логично. Возможно, это какое-то ограничение безопасности в nwjs

Загружаем код приложения на сервер (с помощью git или ftp). Потом запускаем приложение через менеджер процессов (forever или pm2), который в случае чего перезапустит программу. Можно и просто через node, но чревато неожиданными падениями приложения.