Смотрите в сторону bot.hears(/какой-то regexp/) и/или bot.command('command') ну вот по памяти, можете еще доки посмотреть какие-то еще есть handler'ы.
Да, есть разница где ставить handler'ы т.к. telegraf запущен в цикле (если очень просто) и выполняет все написанное последовательно, команда за командой.
Если очень припечет, свяжитесь со мной, посмотрим ваш код, может что-то помогу )