Для этого вам нужно визуализировать данные и связать визуальное представление со экземпляром данных представляющих вот такую структуру, Это на джаваскрипте. Визуализировать вашу структуру можно теми библиотеками что я привел, ими же можно обеспечить либо событийную привязку визуального представления с вашими данными, либо связывание данные с помощью knockout. Например jstree имеет события www.jstree.com/api/#/?q=.jstree%20Event такие как открытие узла, выделение узла, также есть методы удаления, добавления узлов. Используя все эти возможности вы без особого труда сможете сделать редактор дерева, т.е. вашей структуры на клиенте с использованием js.
это потому что данный элемент хоть и первым отображается, но на самом деле его позиция кратна 4, т.е. он в конце строки, из-за этого отступа справа у него нет
причин для того чтобы не работало нет - плагин может инициализироваться существующей разметкой, ему без разницы была эта разметка загружена изначально или потом вы ее загрузили аяксом. Важно только, что бы вы уничтожали экземпляр дерева перед повторной инициализацией. Остальное - немного поработать отладчиком.
