armed

Я бы сделал так:
1. Для десктопов использовал NodeWebkit (будет работать сразу под Win/Lin/OSX).
2. Сервер тоже на Node.js (таким образом одной технологией убиваете два зайца).
3. Для iOS и Android сделал бы нативные приложения с учетом UI гайдлайнов каждой платформы. Но если дорого и сроки, то можно попробовать PhoneGap/Cordova или что-то подобное.

Рекомендовать по выбору инструментов не особо просто когда нет информации о специфике приложения.

@dizballanze правильно сказал, grunt решает эту проблему. По хорошему, последовательность работы следующая:

1. Bower подтягивает компоненты.
2. Grunt в девелопмент режиме копирует не min версии либ из папок компонентов в какую-то директорию, допустим assets. Таже в эту же папку грунт копирует скрипты приложения.
3. Grunt в продакшн режиме копирует и склеивает min версии либ из папок компонентов и копирует и минифицирует JS код проекта в assets.
4. Grunt при помощи плагина watch следит за папками со скриптами и при изменении прогоняет все операции.

В Jade-ах подключаются скрипты тоже в двух режимах - if (dev) else блок.

По хорошему зависимости не должны быть привязаны к какой-либо IDE. Воспользуйтесь универсальными инструментами, такими как maven, ivy, gradle, xsbt и т.д. Если сейчас этого не требуется, то в будущем рано или поздно встанет вопрос о множественном использовании своих/чужих наработок в разных проектах.