Если условие что в 2 секунды любое аудио декодируется и вам нужно  лишь правильно отправлять все через  ajax, то formdata js в помощь 
~JS 
var formData = new FormData();
formData.append('file', fileInput.files[0]);
$.ajax({
  url: 'upload.php',
  method: 'POST',
  data: formData,
  contentType: false,
  processData: false,
  success: function(response) {
    console.log('File uploaded successfully');
  },
  error: function(jqXHR, textStatus, errorMessage) {
    console.log('File upload failed: ' + errorMessage);
  }
});
~PHP 
require_once '/public_html/vendor/autoload.php'; 
$ffmpeg = FFMpeg\FFMpeg::create();
$mp3Format = new FFMpeg\Format\Audio\Mp3(); 
$videoFolderPath='/public_html';
if(!isset($_FILES['file'])) {
  return 'no file';
}
$tempName = $_FILES['file']['tmp_name'];
$audioObj = $ffmpeg->open($tempName);    
$audioObj->save($mp3Format, $videoFolderPath.'/myfile.mp3');