aopil

Сделай скалярный массив из $value["CodeId"], а потом условие:

… WHERE CodeId IN (" . implode(",", $yourArray) . ") …

Всё правильно.
Сначала он выдал записи за 17 апреля (одну), потом за 19 апреля (четыре, и одну из них с QtyVerifyTime = 1 выдал до QtyVerifyTime = 0). В чём собственно проблема?

SELECT * FROM sc_table WHERE Status = '1' ORDER BY `QtyVerifyTime` DESC, `VerifyDateTime` ASC LIMIT 5

и проверяет работоспособность IP выбирая только 25 штук

Ну и где эта часть запроса?
Поправьте свой order by на сортировку по дате проверки. И будете получать записи проверенные наибольшее время назад.

ORDER BY NOW() - колонка_с_датой_обновления

$arr1 = [массив_новых_ip];
$arr2 = [массив_ip_из_базы];
$arrResult = array_filter($arr1, function($em) use ($arr2) {
    return (array_search($em, $arr2) === false);
});

/* если нужно обнулить ключи, то обернуть в array_values() */
$arrResult = array_values(array_filter($arr1, function($em) use ($arr2) {
    return (array_search($em, $arr2) === false);
}));

insert ... on duplicate key ignore
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/insert.html