выбор следующий: monorepo, subtree, submodules. Всё описано в документации к гиту.
что усложняет нахождения коммитов, связанных с бэком
тут тоже надо к документации обратиться. например git log -- path/to/backendFolder и вжух, мэджик!
bottom line: читай маны. они рулез!