Ну вообще чтобы настроить "прозрачный" прокси, то его нужно изначально настраивать как "прозрачный" прокси. Но тогда очень много придется костылить с маршрутизацией.
Эникею филиала врятли такое дадут делать, тк велик шанс положить всю сеть, как минимум, филиала. Да и прокся скорее всего создавалась безопасниками для возможности следить куда народ лазит