1. Как уже советовали — освойте maven2: разбивайте проект на модули с разной ответственностью; перенесите ресурсы в ресурсные папки, используйте jetty maven plugin для отладки всего веб-приложения и т.д. и т.п. Множество возможностей и дополнительных плагинов буквально на все случаи жизни.
2. Не надо хранить в SVN то что можно сгенерить из исхоодников — к примеру, эклипсовские папки. Проектные файлы для любых популярных IDE можно сгенерировать из pom-ов maven2. Аналогично с зависимостями. maven2 скачает за вас jar-ники которые вам нужны, положит в папку WEB-INF/lib и соберет war. За информацией —
maven.apache.org/guides/getting-started/index.html
3. Именование пакетов. Стандартная практика — создавать пакеты в стиле com.mycompany.myproject.orm, com.mycompany.myproject.util и т.д., не бойтесь создавать вложенность.
4. Именование полей класса, user_id — плохая идея, используйте везде camel case. В целом, изучите и придерживайтесь Java Code Conventions
java.sun.com/docs/codeconv/CodeConventions.pdf
5. Для небольшого тестового проекта рекомендую использовать вместо Оракла встраиваемую базу, например HSQLDB
