Возможная проблема.
У вас сервер просит указать имя пользователя и пароль.
Но из-за того, что в файле ~/.bashrc (или подобный) настроен вывод каких-то символов в "терминал", вы можете "не видеть" этот запрос.
Git подключается к серверу, висит какое-то время, ожидая ввод логина/пароля, и отключается.
В Нетбинс у вас работает, так как в нём уже указаны данные для подключения к серверу.