В микротовской экосистеме выдачи\генерации сертов выданные серты нельзя удалить с микрота. Их можно только отозвать (revoke). Если нужно удалить все файлы полностью, то удаляется "корневой сертификат" тот самый которым подписаны юзерские серты. Остальное пропадет само.