Судя по "Core temperature above threshold, cpu clock throttled" в логе у вас перегревается процессор и сбрасывает частоты, после этого может не хватать частоты на плавное воспроизведение звука. После остывания частоты возвращаются в норму "Core temperature/speed normal" и звук должен работать нормально. Если компьютер зависает совсем, то могу предположить что он сильно перегревается.
Посмотрите на то, какие процессы жрут много CPU, например, в GNOME system monitor (Системный монитор если русский интерфейс).
