Имею на текущий момент в Google Play 3 приложения с практически одинаковыми исходниками, различаются они:
1. Естественно именами пакетов (задан через flavors)
2. Состоянием нескольких ключей, определяющих статус приложения (Pro/Lite) или даже набор публичных для пользователя вьюх.
Изначально вел все приложения по "разным папкам", потом с принудительным переходом на Android Studio (дескать Eclipse все) весь код вытащил в один пакет, различия подключил через flavors.
Второй год полет нормальный...
