По-моему, тут лучше всего подойдет система на базе самого интернет-магазина, ибо из существующих ничего толкового не попадалось для этих задач ) Не знаю, на чем у вас работает интернет-магазин.
В идеале — свою систему написать. Или, если это рационально, допиливать текущую. Например, у
Веб-Асиста много чего есть из перечисленного есть (и складской учет, и удобно свои документы доделывать), но естественно, не всё.