Тут дело не в том под кем запущен nginx, как я понимаю, а в том под кем запущен php. Если вы используете php-fpm, то можете создать отдельный пул под рутом, на отдельном порту или сокете и привязать location в nginx к нему. Гуглите что-то вроде "multiple PHP-FPM pools", например.