Антон Тарасов

не помню точно, кажется можно было удерживая Ctrl выделить нужные, потом вызвав контекстное меню, удалить.

самом плагине отображается редирект на [[~числовое значение]], причем везде оно разное, но редирект идёт на главную,

Проверьте значение системной переменной `error_page`, там должен быть указан ID 404 страницы(если нет, нужно создать), по умолчанию там может стоять ID главной страницы, и тогда будет всегда вместо 404 страницы главная отображаться по редиректу.

Мда. Ссылки со слешом вероятно, должны сбоить. Но может есть какой-то кастомный код(плагин, например)/редиректы насчет этого?
Если ссылки были сформированы созданием страницы в менеджере - на это должна влиять маска, хранящаяся в системной переменной `friendly_alias_restrict_chars_pattern`, можно дополнить ее нужными символами ,для удаления лишнего. Правда, придется программно или вручную пройтись по ресурсам.

Видал такое. Это инфицированный сайт. Если зараза действительно вычищена, уведомьте Google через Search Console(кстати, вы там были? не ругается ли консоль?),что надо переиндексировать...
По опыту до нескольких недель эти каракули могут исчезать.
Но это только, если вычистили!