Сейчас поисковые роботы умеют исполнять JavaScript, я думаю, они не пропустят ценные моменты, загруженные на сайт через ajax.
Что касается переходов - делайте стандартные конечные страницы, а на них ссылайтесь через обычные ссылки (тег [a]). Но для каждой такой ссылки (инфу из которой нужно загрузить через ajax) добавляйте onclick="load_ajax (this);", в функции load_ajax прерывайте стандартное поведение браузера (то бишь отменяйте переход по ссылке), и дальше уже загружайте необходимые данные и вставляйте в DOM.
Если какой-то робот не сможет корректно исполнить этой операции, он всегда сможет перейти по ссылке стандартным образом (и следовательно проиндексировать как обычную страницу).