Незачто)) Часто верным ответом бывает самый простой.
А как к ftp подключаешься? У меня давно как-то похожий случай был, использовал WinSCP для конекта к ftp и регулярно кто-то индексный файл правил, добавлял какую-то вирусную штуку, видать еще в автоматическом режиме. После отказа от WinSCP все нормально стало.
