Кода стыдиться не надо если ему уделенно достаточно внимания, в любом случае хорошее решение приходит не сразу, трудности возникают и благополучно решаются.
По поводу совета нужно привыкать к строгой организации кода, т.е. не скидывать все в одну кучу, а структурно распределять исходя из логики приложения. Скажем css, js, html в отдельные папки им нечего делать рядом с серверным кодом, т.е. разделение client and server.