По хорошему, в схему нужно добавить связи (composite или aggregate).  Потом сгенерировать автоматически или ручками map файлы. После этого объекты можно получать так:
$TopicSection= $xpdo->getObject('TopicSection',$id);
$Topics= $TopicSection->getMany('Topics');
Легче делать так:
1. Создать таблицы в БД с помощью рук
2. Сгенерировать по ним (таблицам) схему, например с помощью расширения CMP Generator из репозитория
3. Добавить связи в схему (подробнее 
тут)
4. Перегенерировать модель с помощью того же CMP Generator, сняв галку "Build schema", иначе схема перезапишется
Теперь можно получать любой объект с помощью 
getObject и его зависимости через 
getOne и 
getMany