Делаешь на беке миддлварю, которая будет из реквеста брать домен к которому обратились, по домену дальше определяешь своего кастомера, аутентифицируешь, авторизуешь и делаешь вообще что твоей душе угодно - роутинг БД, кастомные апи-эндпоинты и вообще все.
Nginx настраиваешь на обработку всех субдоменов.