Если на серваке настроена самба — подключите в винде как сетевой диск и работайте с него.
Есть ещё вариант. Он лучше встроенной поддержки пхпштормом, но хуже самбы.
Программка webdrive — подключение диска через ssh протокол.
Но тоже будет притормажимавать.
И, ещё один вариант.
Есть такая вещь от Котерова —
dklab_realsync
realtime-синхронизатор исходников с локальной машины на разработческий web-сервер
Работает так — вы у себя на локальной машине копируете полностью весь проект с сервака. Настраиваете утилиту — и она начинает в реальном времени очень быстро синхронизировать его с серваком.
Т.е. реально phpstorm работает с локальными файлами.
