Специфики битрикса не знаю. Однако мое мнение такое:
Когда внедряли ssl не перешли на относительные ссылки, вот и проблемы.
Сейчас вам нужно сделать следующее:
1. Вычистить с сайта и из базы все ссылки с www, причем речь даже о картинках.
2. Настроить в файле robot.txt дерективу host.
3. В конфигурации вашего веб-сервера настроить 301ый редирект с www на без www и редирект с http на https.
4. В яндекс.вебмастере принудительно настроить главное зеркало.
5. Ждать.
Вероятно позиции упали все же не из-за главного зеркала. В индексе у вас были страницы http. Когда вы внедрили ssl все ваши страницы стали https, а старые страницs перестали открываться. С точки зрения поиковиков - http и https - это разные страницы. Поисковик начал вычищать старое, и индексировать новое. У вас возник дублированный контент. Кроме того вся ссылочная масса, если она была, ссылалась на http. Теперь ее нет. Это тоже негативный фактор.