Как вариант - закрыть все не нужные порты, поставить антивирь с антималварем. Настроить по крону очистку папок, которые не нужны, раз в 5 секунд. Хонейспот при обнаружении get запросов от новых клиентов. Fail2ban. И регулярный аудит безопасности в режиме паранои.
З.Ы. вам повезло - только одна запись. Когда мне пытались взломать сайт в логах хостера было 60 попыток. Яндекс увидел 20 заходов.
