Алексей Тимофеев

nginx ждет ответа от апстрима и не получает его, отваливается по таймауту как следствие. Если у вас апстрим апач, смотрите что его вешает.

Вам нужен отдельный сервер или виртуалка, чтобы никого кроме вас на сервере не было. Закрыть все по максимуму, без доступа посторонних пользователей. Сам сервер вообще спрятать за проксей, весь траффик шифровать SSL.