Как правильно обновлять Progressbar из цикла?

Вот пример, в отдельном потоке стартую примерно тоже, что в вашем примере, без runLater() в принципе выкидывает exception Not in FX thread. Зато с runLater() всё работет и прогресс обновляется.

Возможно, вы вызываете метод runnCommand не в отдельном потоке или у вас проблема в другом месте. Попробуйте вызвать свой метод в отдельном потоке.

import javafx.application.Application;
import javafx.application.Platform;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.scene.control.ProgressBar;
import javafx.scene.layout.StackPane;
import javafx.stage.Stage;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;

public class TestJFX extends Application {
    public static void main(String[] args) {
        launch(args);
    }

    @Override
    public void start(Stage primaryStage) {
        System.out.println("start");
        ProgressBar bar = new ProgressBar();
        StackPane root = new StackPane();

        root.getChildren().add(bar);
        primaryStage.setScene(new Scene(root, 300, 250));
        primaryStage.show();

         new Thread(() -> {
             System.out.println("Thread started");
             doAlot(bar);
         }).start();
    }

    public void doAlot(ProgressBar bar){
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
        String s = "";
        try {
            while (!(s = reader.readLine()).equals("null")) {
                System.out.println("Trying to parse progress");
                Double progress = Double.parseDouble(s.split("%")[0]) / 100;
                Platform.runLater(() -> bar.setProgress(progress));
            }
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}