Сам нахожусь в поисках идеального ответа на ваш вопрос, но кое что есть для размышления по этому поводу:
1. https://github.com/gothinkster/realworld (тут не только Golang)
2. https://github.com/golang-standards/project-layout

1. Рекомендую не пользоваться denwer
2. Если тебе не нужен docker, не используй его.
3. Я думаю что такого бы вопроса не возникло если бы вы ознакомились с "Что такое docker?". Благо материалов на эту тему достаточно (видео, статьи и книги)
4. После того как разберетесь с общими понятиями docker и для чего его применяют. Почтайте эту очень занимательную статью https://habr.com/company/flant/blog/334470/