Мы используем продукты от Atlassian - Jira и Wiki. Jira - для ведения проекта и контроля багов, Wiki - для хранения сопутствующей документации, схем базы данных и всего такого прочего. Более того у нас настроено автоматическое создание тикетов в Jira по телефонному звонку или e-mail клиента. Я, к сожалению, не знаю технических деталей реализации, но это круто.
Jira, на мой взгляд, ещё хороша тем, что в ней всю структуру и логику переходов и изменения состояний тикетов можно легко настроить под свои нужды прямо в системе, и она доступна как с рабочего места, так и в дороге (даже из дома можно, если приступ трудоголизма замучал).
У нас тоже с безопасностью довольно строго, обработка персональных данных и всё такое, но против облака никто не возражает и вопросов по безопасности это не вызывает.
Исходники мы, правда, безопасности ради, храним в локальном репозитории.
