Алексей Уколов

Ведите отдельные счётчики для номера строк для колонок 1-2, 3 и 4.

Примерный код на скорую руку:

foreach ($data as $value) {
    $sheet->setCellValue($columns[$c++] . $r, $value->getData1());
    $sheet->setCellValue($columns[$c++] . $r, $value->getData2());

    $originalRowId = $r;

    $c = 2;
    $c2r = $originalRowId;
    foreach ($value->getData3() as $item3) {
                    $sheet->setCellValue($columns[$c] . $r, $item3);
                    $c2r++;
    }

    $c = 3;
    $c3r = $originalRowId;
    foreach ($value->getData4() as $item4) {
                    $sheet->setCellValue($columns[$c] . $r, $item4);
                    $c3r++;
    }
    
    $r += max(count($value->getData3()), count($value->getData4()));
}

Копайте в сторону официальной документации, там это есть.
Нет, вру, нет этого в доках, только в примерах.
$objPHPExcel->getActiveSheet()->freezePane('A2');
Обратите внимание, что аргумент функции - это адрес ячейки, выше и левее которой будут закрепляться области. То есть A2 закрепит первую строку, а B1 - первый столбец.

Нужно использовать метод setText():

$objPHPExcel = PHPExcel_IOFactory::load('./test.xlsx');
$comment = $objPHPExcel->getActiveSheet()->getComment('E11');
$commentText = new PHPExcel_RichText;
$commentText->createText("testtesttest");
$comment->setText($commentText);
$objWriter = PHPExcel_IOFactory::createWriter($objPHPExcel, "Excel2007");
$objWriter->save('./test.xlsx');

Смотреть в первую ячейку строки и исходя из её содержимого определять товар это или просто текст. Ваш КО.