Если честно, я никогда не ношу все яйца в одной корзине.
from PyQt4 import QtGui, QtCore, uic
from PyQt4 import QtGui, QtCore as qt
И никогда подобного не наблюдал. Т.е. UIC файл у меня всегда отдельно. Проще и в редактировании и потом юзеру отдавать.