Возможно, там включен opcache. Проверь в phpinfo и попробуй выполнить opcache_reset(); после заливки нового файла. Например, в php-консоли в админке битрикса.
$message = "0411 Тест";
// ищем в начале строки 4 цифры 0-9, а далее либо конец строки, либо любой символ, кроме 0-9
if (preg_match('/^([0-9]{4})($|[^0-9]+)/', $message, $matches)) {
echo $matches[1]; // искомое число
}