Основное различие в том, что первый использует картезианское произведение с отбором, что давно уже считается bad practice.
В остальном именно эти два запроса абсолютно эквивалентны с точностью до порядка выполнения. Операция "запятая" имеет приоритет ниже, чем операция JOIN, т.е. в первом запросе выполняется неявное STRAIGHT_JOIN. И если СУБД не умеет наплевать на это, первый запрос может порождать неоптимальный план выполнения даже при актуальной статистике данных.
В более сложных запросах использование запятой, особенно в комбинации с JOIN, вообще способно полностью поломать запрос, вплоть до синтаксической некорректности. А потому настоятельно рекомендуется вместо запятой использовать CROSS JOIN.
