Как вариант можно сбрасывать скоп внутри метода $api->dependency

class Node
{
    protected function func1() {
    }
}
class NodeA extends Node
{
    public function FUNC2() {}
}
class NodeB extends Node
{
    // Функция инициализации
    public function __construct()
    {
        (new Api())->dependency(
            function (?NodeA $a) {
                $a->FUNC2(); // Метод успешно вызывется так как он public
                $a->func1();  // Call to protected method Node::func1() from global scope
            }
        );
    }
}

class Api {
    function dependency(callable $dependency) {
        if ($dependency instanceof Closure) {
            $dependency = Closure::bind($dependency, null, null);
            $dependency(new NodeA());
        }
    }
}

Либо можно использовать белый список и проверить стек вызовов, если вызывающего класса нет в списке, то кидать исключение.

class Node
{
    private array $whiteList = [
        NodeA::class
    ];

    protected function func1() {
        $scope = debug_backtrace(2, limit: 2)[1]['class'];
        if (!in_array($scope, $this->whiteList)) {
            throw new Exception('Нельзя вызвать метод для данного класса '. $scope);
        }
    }
}
class NodeA extends Node
{
    public function FUNC2() {}
}
class NodeB extends Node
{
    // Функция инициализации
    public function __construct()
    {
        (function (?NodeA $a) {
            $a->FUNC2(); // Метод успешно вызывется так как он public
            $a->func1();  // Нельзя вызвать метод для данного класса NodeB
        })(new NodeA());
    }
}

Смысл в том, что бы не поломалось поведение в потомке.

class Mouse extends Animal {
    public function calcDamage() {
        throw new Exception('Мышь не наносит урон');
    }
}

Тут нет состава ни 138 ни 272. Состав 272 ст. - материальный, то есть наличие общественно опасных последствий - обязательный признак объективной стороны данного состава. Диспозиция 272 ст. предусматривает что данные последствия заключаются в следующем: уничтожении, блокировании, модификации либо копировании компьютерной информации. Таким образом, если данные последствия не наступили, то нет объективной стороны, без объективной стороны нет состава. Что касается 138, то предмет - охраняемая законом тайна, объективная сторона выражается в любых противоправных действиях, которые нарушили эту тайну. Т.к. тайна не была нарушена, то нету объективной стороны, а значит нету и состава.