Или процесс создания linux headers настолько специфичен?
Нет. userspace интерфейс ядра изо всех сил старается сохранять обратную совместимость. Т.е. если построить тулчейн с использованием хедеров какой-то версии ядра, собранные им бинарники будут работать (а если не будут, то есть основания зарепортить это как баг ядра) и на более новых ядрах.
