aleks-th

Тут глянь может поможет
https://linuxmint.com.ru/viewtopic.php?t=2320

Да это нормально, под линуксом будет низкая производительность, ибо это костыль для любителей скрестить ужика с ежиком.
Или используй Windows или смирись.
--
Вообще не вижу не одного смысла использовать самбу тем более под линуксом.

Apache+Wget :)
При обрыве связи докачает ;)

Легко в конфиге веб сервера настройте. Практически все вебсервера умеют. Если используете экзотику которая не умеет .
--
Можно перед вашим сервером какой нить nginx поставить, и на нем на нужные вам поддомены разруливать, дело тоже простое на полчаса-час максимум.

Посмотри с какими правами какого пользователя они они создаются.
У тебя как я понимаю есть пользователь заведенный на сканер, а у винды нет прав на чтение файлов созданных этим юзером.
Или если сканер локальный то они создаются под тем пользователем под которым кнопку сканировать жмешь.
----
Сканер какой - сетевой или локальный ?
----

Варианта собственно 2 или 3 или если загорячится то и больше.
1. Подключать папку в винде с правами пользователя.
2. Сканировать не в локальную а в сетевую папку \\Server\folder (нотация виндовая). Чтобы самба сервер под убунтой их создавал с уже нужными правами с которыми их винда может прочитать.