Как подключить оплату с сайта через Visa/Mastercard?

если 5,5% это всё, то действительно неплохо. ПРи таком способе подключения подключаются только карты, или как бонус подключится всё остальное?

Какую систему бэкапов установить на выделенный сервер под CentOS?

Присоединяюсь — система бекапов лучше не быват (но при бекапе проверьте, как базы данных сохранило — иногда глючит, если не подкрутить)

Правильное оформление вызова javascript-функций

Нехорошо, а если 2 обработчика?