Добрый день!
Прочитав список требований, вижу что можно для решения предложить продукт Atlassian Confluence. Это корпоративная wiki, https://www.atlassian.com/software/confluence .
Предназначен для организации корпоративной базы знаний, интранет и даже интернет сайтов, коллективного создания документов.
О реализации требований:
- поддержка авторизации с хранением пользователей в AD, NT_logon авторизация доступна после установки плагина, есть несколько вариантов
- к статьям можно прикрепить файлы, причем файлы MS Office можно просто прикрепить, а можно импортировать, с сохранением разметки и возможностью online редактирования;
- есть понятия "пространство" и "страница", вы строите структуру каждого пространства как нужно;
- WYSYWIG редактор страниц, редактор шаблонов страниц, "темы" пространств;
- поисковик очень продвинутый, на базе движка Lucene;
- для комментирования исходного кода можно подключить приложние Crucible из набора Atlassian Development Tools - https://www.atlassian.com/software#devTools .

Насчет формирования документации по классам из источников - поясните пожалуйста.

Да, продукт написан на Java и следовательно многоплатформенный и масштабирумый, коммерческий, стоимость не высокая.
Есть REST интерфейс, API плагинов.

Пишите вопросы на atlassian@lionsoft.ru