Теоретически у JavaScript есть WebGl, который позволяет получить доступ к 3D-ускорению видеокартой. Вот тут даже кто-то примеры сделал
habrahabr.ru/post/93594/. Я сам не пробовал, но предполагаю, что все будет работать медленее, и будут всякие нежданчики вылазить в разных браузерах, поэтому лучше Флеш.