Если вам нужно, чтобы ваша коллекция работала и была доступна всегда, то нет никакого смысла хранить ее в модуле, в котором есть что-то еще. Она отдельная сущность, доступ к которой вам нужно организовать через шину событий, которую вам даст Backbone.Wreqr.
В вашем описании "модуль пользователей" не тождественнен коллекции. Насколько я понимаю, у вас есть некий кусок логики, который отвечает за пользователей и который работает с коллекцией. Тогда в вашем случае вам надо выключать только этот кусок логики, а коллекцию оставить в покое. Тогда доступ к ней будет всегда.