Сергей Семенко

Короче всё же Apache использовал другой PHP, а именно zts-php. Решил эту проблему следующим образом:
1) Скачал и установил ffmpeg (не ffmpeg-php)

rpm -Uvh http://dl.atrpms.net/el6-x86_64/atrpms/stable/atrpms-repo-6-7.el6.x86_64.rpm
yum install ffmpeg ffmpeg-devel

2) Скомпилировал библиотеку под zts-php

git clone https://github.com/tony2001/ffmpeg-php.git
cd ffmpeg-php
zts-phpize
./configure --with-php-config=/usr/bin/zts-php-config
make && make install