Дописываю классы и не парюсь, даже в элементам, где используются классы бутсртапа (row, container, col-), хотя каждый раз зависит от того какие стили несет мой класс. Например там, где есть ширина, отступы и т.д. создают вложенный див, чтобы не конфликтовать с бутстрапом.
