Как реализовать таблицу в MySQL?

строки запишите в таблицу mysql и оттуда запрашивайте, а сумму считайте прямо на странице, на стороне клиента, с помощью jquery each

Как организовать структуру БД для магазина с поиском по параметрам?

Можете попытаться создать EAV-модель.

А можете купить битрикс и не париться по этому поводу, просто создадите разные инфоблоки с разными параметрами всё.